（1）分类所得税模式是按税法列举的各项收入课征，但随着经济的发展，公民收入来源愈来愈广泛，税法对多项应税收入不可能一一列举。
（2）缺乏公平性，不能充分体现“收入多者多纳税”的原则。分项所得税模式在计算个人所得税时，对不同来源的所得必须用不同的征收标准和方法。相同收入的纳税人会由他们取得收入的类型(项目)不同，或来源于相同类型的收入次数不同而承担不同的税负；不同收入的纳税人，由于他们取得收入的类型不同而采用不同的扣除额、税率、优惠政策，甚至同类型收入由于次数不同而使这些因素改变，所承担的税负也不同。分类所得税模式不但不能全面、完整的体现纳税人的真实纳税能力，反而会造成所得来源多、综合收入高的纳税人不用纳税或少纳税，所得来源少的、收入相对集中的纳税人却要多纳税的结果，形成税负不公，不符合个人所得税制度设计的初衷。
（3）容易产生避税现象，造成税收流失。按月、按次分项计征，对不同来源的所得采用不同的税率和费用扣除方法，容易造成纳税人通过分解收入、转移类型等手段达到多扣除、减少应税所得、降低税率或获得减免的目的。例如劳务报酬所得、特许权使用费所得等，如果将这些收入分散开来，化整为零，就能少缴税甚至不缴税。对于工资、薪金所得，也可以通过改变发放次数和发放数额，在上资总额不变的条件下，达到减轻税收负担，逃避个人所得税的口的。原本设计费用扣除额是为了补偿成本和保证纳税人的基本生活支出，而分类计征使得所得来源分散的高收入者利用各种费用扣除规定，达到避税的目的。
（4）征管效率低。我国现行个人所得税的课税税目包括工资薪金所得、个体上商户的生产经营所得、对企事业单位承包经营所得和承租经营所得、劳务报酬、租赁所得、股息、利息、红利所得等11个项目。其项目列举复杂，并且各项所得之间的界限难以划清。如个体上商户的生产经营所得中可能包含有个人经政府有关部门批准开办诊所及从事医疗咨询所得，而劳务报酬中也包括个人从事医疗咨询活动所得，如何具体划分不甚明确，实际操作也不好把握。在应纳税所得的确定上涉及按月、按次或按年计算扣除额的问题，又涉及不同的税率，使得计算复杂，消耗税务机关大量精力，也不利于纳税人自行申报，使征纳双方的经济效率大大降低。
（5）难以对费用扣除额实行指数化管理。在综合所得税模式中，可以根据零售物价上涨指数调整费用扣除额，使税负保持不变；而在分类所得税模式中，指数化管理将难以实行。在物价水平波动的情况下，无法对费用扣除标准进行及时准确的调整，而使税负水平人保持相对稳定。
2．征收范围不全面
（1）税基狭窄。个人所得税在课税范围的设计上，分为概括法和列举法。列举法又分为正列举方式和反列举方式。正列举方式就是对税法中明确规定的项目予以课税，没有出现在税目中的项目不用纳税。反列举方式则是明确规定出不在纳税范围的项目，除此之外所有项目都要纳税。一般来说，正列举方式的范围相对于税源来说是有限的，较小的；反列举方式的范围往往是接近税源的，较大的。
（2）减免税项目过多。现行个人所得税法规定有14条免税项目，3条减税项目，还有其他暂免征收个人所得税政策和减免税优惠政策。这些减免税政策出于鼓励、引导、照顾、互惠、惯例等多种目的，但减免项目过多、范围过宽违背个人所得税的立法宗旨和政策目标；弱化个人所得税的调节分配和组织收入功能；导致税制复杂，给政策执行和征收执法带来操作困难，造成纳税人税负不公平和偷税、避税漏洞。
3．费用扣除标准缺乏科学性
个人所得税的应纳税所得额应是减除为了取得收入的费用和生计费用之后的所得，即仅对能反映个人纳税能力的纯所得部分课税。因此，在归集个人总所得收入之后，必须从总所得收入中扣除不能反映其纳税能力的成本费用及生计费用。生计费用和成本费用的扣除自接关系到税收负担的大小。允许扣除的费用通常分为三类，一为取得收入所必须支付的成本费用，一般采用按实列支或在限额内列支扣除的办法。二为养家糊口的生计费用。一般包括个人基本扣除和受抚养人扣除两部分。前者通常采用免税额的方式，后者主要针对纳税人的家庭、婚姻和子女状况而定。很多发达国家还根据家庭成员结构，对受抚养人扣除规定了十分详细的家庭系数，使费用扣除更为合理。例如法国确定家庭系数的原则是：成人为1，小孩为0.5。受抚养人口越多，家庭系数就越大，其应税所得是以家庭总所得除以家庭系数求得的。三是为照顾纳税人特殊开支需要的特许扣除。一般都包括医疗费用支出、教育费用支出、慈善捐款、灾害损失、人寿保险及其他项。现行个人所得税费用扣除标准对于成本费用的扣除基本上能体现对纯收入课税的原则。但是对生计费用扣除和特许扣除的规定 缺乏合理性。
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