(3)收益分配制度不健全。一些合作社存在收益分配混乱的现象，主要表现在对收益分配中的股金分红、股息、利润返还的比例制定不合理，甚至合作社社员对这三个概念理解不清楚，混淆不清。导致不少合作社把付给社员股息当成是股金分红，而实行股金分红，这种现象带有普遍性。
三、解决农民专业合作社财务管理问题的对策
1、加强财务管理意识，普及财会知识
财务管理工作是农民专业合作社规模化发展的重要保障。随着农民专业合作社发展，财务管理工作的重要性将逐渐得到体现。财务管理工作得不到重视一部分原因就是农民对于财务知识比较匮乏，即便公开合作社财务状况，许多成员也看不懂，根本起不到监督作用。因此，普及财务会计知识， 把财务管理工作当作合作社发展中的重要事情来抓，加大宣传力度，开展普及财务会计知识教育工作，让农民合作社中的从领导到社员都树立重视财务管理的思想。
2、扩大筹资渠道，增加资金实力
农民专业合作社应适应现代市场经济的客观要求，扩大筹资渠道，使筹资渠道和方式呈现多样化，增加资金实力。一方面，通过对我国的农业合作社股金筹集机制进行创新，增强其内源融资能力。另一方面，制定吸引外部资金投入的灵活机制，以提高合作社资金实力。利用良好的外部融资环境来提高合作社资金筹集能力。
3、加强财务管理制度建设和落实财会队伍的建设
财务管理制度，是合作社理财活动的重要依据，对合作社理财活动起着重要的规范作用。制定内部财务管理制度应以满足出资人需要，服从出资人利益，以服务成员为宗旨，谋求全体成员的共同利益为出发点和归宿点。制定财务管理制度只是手段，实施财务管理制度，狠抓落实，推动合作社全面科学管理。另外，必须提高财会人员的要求。其一，合作社聘请具有较高业务能力和职业道德水平的会计人员。其二，根据合作社不断出现的新的经济活动，鼓励财会人员通过继续教育方式达到知识及时更新以适应新要求。其三，合作社要加强对财会人员的考核，完善考核机制。
4、健全收益分配制度
一般合作社除了留取一定的积累外，合作社的收益分配主要包括利润返还、股金分红、股息支付三部分。社员作为惠顾者应该得到利润返还，作为投资者应该得到股金分红和股息。三种收益所占的比重可根据合作社的具体情况而定。另外，合作社利润中要留出一定比例的公积金、公益金、教育基金、风险基金等。在盈余分配时必须首先提取一定的风险基金和发展基金，以便专款专用，以丰补歉，保护专业合作社组织稳定性。
5、加大对农民专业合作社的政策扶持力度
各级政府特别是财政部门要采取得力措施，制定出台优惠政策。一是财政扶持可以视情况设立扶持农民专业合作经济组织发展专项资金。二是要对农民专业合作组织实行税收优惠。三是对农民专业合作组织实行信贷优惠。
总之，我国的农民专业合作社要想走上长久发展之路，必须重视合作社的财务管理工作，对财务管理工作中存在的问题应给予认真分析，并多方寻求解决措施，使得财务管理对合作社的发展发挥积极的作用。
