物质流成本会计作为一种新型的环境管理型工具，能够起到节约企业资源、促使废弃物成本达到可视化。正因为引进了正、负产品的概念，对废弃物进行了核算突出负产品的理念，这就对会计核算系统有了新的要求，创建一套适合物质流成本会计核算的适用的会计科目、系统的数学核算方式以及会计电算化软件以及就成为了当务之急。只有解决了这一问题才能为物质流成本会计的核算创建基石。
二、进行物质流成本会计核算的建议
物质流成本会计在现今时代的应用领域还存在的众多问题，而物质流成本核算作为环境管理会计的一种重要的方法，是适合现阶段我国企业降低材料能源消耗，节约成本，强化成本管理，优化生态与经济效益，建设低碳经济最需要的会计核算方法，为此，我们可以从以下几个方面进行研究和发展，以期促进物质流成本会计核算的进一步完善。
2.1不断学习努力提升专业技能
企业管理者要不断进取，努力提升自身的管理经营水平，增强自身的专业素养和环保意识。与此同时，政府等国家机构要进一步完善环保制度，参考欧美等国家的应用实例总结经验，向企业提供专门的方案指导等技术支持。物质流成本会计的产生及发展是对传统成本会计核算的一大进步，有着自身的时代性特点。所以企业准备应用这一会计手段时，应借鉴国外经验，形成自己对M F C A的系统理论体系，再结合自身企业的特性，需要企业管理人员、环境工程师等专业人员的协助。
2.2完善物质流成本会计的会计处理系统
物质流成本会计作为一种财务处理方式，其目的就在于将会计理论与实践相结合起来并为实际服务，具体可以在通过设置完善的会计科目并以此来进行计量和披露，可以达到为企业管理者提供信息决策服务的作用，所以，企业在应用时可以根据自身企业的特质并寻求M F C A推广组织和高校MFCA相关专业人员的技术支持，制定一套适合自身的系统的M F C A处理体系。
2.3以实际为出发点科学合理的进行定量
企业在实际操作过程中还需要根据企业自身的特点来设置物量中心，不可盲从。不同的工序例如物质的贮存、清理、分割、流转、包装、检查等，都可以视为一个物量中心。而物量中心的设定则需要跟企业的实际生产情况相关联，严格的按照工序的生产信息而定。对于物量中心里所投入的各物质，要严格按照管理者的要求，在资源节约的基础上结合社会和环境效益进行分类核算或单独核算。
