2，加工贸易对我国国内企业造成了冲击。加工贸易大量进口的中间投入品与国内同类产品形成了不必要的竞争，使我国国内生产企业和流通企业造成一定的冲击，国内相关原料工业的发展带来严重的负面影响，使原材料工业的发展提升受到阻碍。而一国的原材料工业是整个工业的基础，原材料工业的落后将最终损害整个工业的发展。这几年，我国的棉花种植业、纺织业、石油工业都曾大面积受到冲击，导致国家的利税大户出现大面积亏损，原材料生产受到大量原料进口的影响，价格下降，由此导致企业经济效益下降，人均收入下降。更有甚者，加工贸易大量进口我国已具备生产能力的原材料，使得原本开工不足的国内原材料特别是中西部地区企业情况更加恶化，国产原材料无人问津，企业濒临倒闭，据估算，我国食糖业、植物油业等由于受加工贸易进口冲击而就业受威胁的职工人数在100万以上。加工贸易出口的快速增长，并未能大规模地有效带动我国基础产业的发展。
3，我国企业从加工贸易出口中，只能获得一点点加工费，而这一出口模式使得外贸统计增长指标失真，夸大了中国的实际进出口能力和中国经济实力，增加了贸易磨擦。我国的加工贸易进口市场主要来自东南亚，出口市场则主要为欧美，当成品出口时，假的出口额和虚假的贸易顺差，却成为对方的重要谈判筹码，扩大了统计上我国与发达国家之间的贸易不平衡，增加了贸易磨擦。目前，加工贸易是形成我国对欧美国家贸易顺差的主要来源，又是形成我国对韩、台贸易逆差的主要因素。我国加工贸易产品出口的数量过多且价格过低，已导致近几年我国反倾销起诉案明显增加。
4，现有的出口模式，使我国外贸依存度过高，据商务部统计，2004年外贸依存度高达70％。不断提升的外贸依存度也反应了我国目前第三产业发展仍然滞后的现实情况。这就进一步凸现了我国产业结构发展的不合理，使得第三产业的就业弹性系数偏低。中国的加工贸易，一个明显特征是出口对进口的依赖性高，进口是为了再出口，具体表现为加工贸易中所需的原材料和零部件大量需要进口，典型的“大进大出”、“两头在外”，原材料与零部件从国际市场来，产成品到国际市场上去，而在国内只进行简单的加装配，产业链条短。近年来，我国较高的经济增长率中，相当在的部分是由进出口数量扩张构成的，这是一种相当危险的格局。这一种格局，使中国经济及出口本身难以承受国际经济波动的冲击，也难以保持经济的稳速增长。
5，长期以来的依赖出口加工，长期停留在靠出口低附加值消费品换取资本产品，出口企业靠领取出口退税生存，使国内企业自身营销能力差，抗风险能力弱，加入WTO后，中国有三分之二的出口企业遭遇国外技术性贸易壁垒,有五分之二的出口产品受到不同程度的影响,每年,中国因技术贸易壁垒造成的贸易损失达到200亿美元左右。由于产品出口市场仍过于集中，而国内加工贸易企业自身营销能力较弱，对特定市场依存度过高，易受国际经济波动影响，造成抗风险能力弱；企业核心技术自主研发能力不足，项目涉及的产品档次偏低，缺少高附加值、高新技术、高创汇的产品。
(三)、我国管理体制存在缺陷
我国现有加工贸易管理体制存在诸多缺陷，导致了加工贸易走私现象的存在，给我国外贸和国民经济带来了严重影响，一方面导致国家应征税款的大量流失，减少了国家财政收入，另一方面扰乱了对外贸易经济秩序，冲击了国内市场，冲击了国内一些支柱行业和民族工业。
三、对我国现有出口贸易模式的建议
