我国加工贸易中高耗能、高污染产业比重大。在改革开放之初，由于过于注重短期经济效应和扩大就业率，加上我国环保法规的不健全，加工技术落后，在我国加工贸易的引进和发展过程中，对自然环境造成了严重的负面影响。据测算，中国用消耗30%-40%的资源只生产世界5%左右的GDP。不仅如此，出口加工外商企业来华投资除了利用我国劳动力、土地资源外，另外还利用我国尚不完善的环保体系、扭曲的资源价格，将一些高污染、高耗能产品加工业转移到中国。世界各国工业化过程中原煤、电力消耗对GDP增长的弹性系数一般保持在0.8-1.0之间，而我国原煤、电力等能源消耗的增幅明显高于GDP增速，消耗弹性系数呈不断扩大趋势，该系数已经提高到1.6左右。
二、加工贸易型企业转型升级的机遇与现实困难
（一） 加工贸易型企业转型升级的机遇
1. 跨国公司的战略调整为加工贸易转型升级带来机遇
为了最大限度地利用资本、拘束、管理以及一切优势效应，现在越来越多的技术资金密集型产业正在从发达国家向发展中国家转移，服务业转移成为了跨国产业转移的重要内容，使超过60％的跨国投资投向服务领域。随着国内服务贸易领域大规模开放，使市场体系进一步完善，这有利于我国在全球引资竞争中吸收技术含量更高的制造项目和服务领域的投资，提升国内制造业技术水平，促进服务业发展。跨国公司研发机构开始向我国扩散，由其在华投资建立的研发中心已经超过700家。
跨国公司的产业转移为加工贸易升级带来新机遇。随着全球化不断深入，国际产业结构调整并向高级化发展，促进产业链加速向中国延伸。以信息技术为核心的高新技术产业的发展，促进了全球产业结构的高级化，发达国家重点发展技术密集型和信息密集型服务业，发展中国家主要从事劳动密集型产业和一般的技术型产业，促使国际产业链以加工贸易为主要形式不断向我国延伸。
2. 经济全球化使中国成为世界加工制造业基地
我国加工贸易规模的不断扩大，近些年已经初步显示出我国成为世界加工制造业基地的状态，世界任何国际几乎都能看到“Made in China”中国制造的标识。为了降低成本，越来越多的国外企业将把材料采购、加工生产、组装配送等环节转移到我国。
随着跨国公司全球战略的调整以及我国加工生产能力的不断增强，经济全球化不仅有利于提高我国加工贸易的国内价值产业链，又有利于进一步利用跨国公司的国际营销网络，促进我国加工贸易的转型升级。
3. 政府制定政策加工贸易政策，扶持加工贸易转型升级
为应对金融危机影响，去年下半年以来，国家及时调整了加工贸易政策，商务部会同有关部门采取了削减加工贸易禁止类和限制类商品目录、暂停加工贸易保证金台账“实转”、降低加工贸易内销缓税利率、便利加工贸易内销等措施，缓解了加工贸易企业面临的困难，稳定了政策预期，提振了企业信心。
另外，我国还给予很多优惠政策，主要包括：（1）对加工贸易进口料件及进口加工贸易所用的进口设备免征关税；（2）对来料加工不征收、不退给增值税，进料加工的进口料件实行部分免税，国内料件部分先征税后再退税；（3）外资企业享有进出口自营权，对所得税征收点较低，其中一些企业的进口设备享有关税减免等。
随着加工贸易结构的不断变化，我国加工贸易政策也在不断地调整，成为我国加工贸易快速发展和升级转型的主要推动力量。
4. 加入WTO后来带更多的发展契机
加入WTO后，我国市场的道理进一步的开放，外商投资领域不断扩大，国际待遇原则及透明度原则的实施，有利于我国通过加工贸易是我国的优势资源与国外的优势资源通过优化组合实现最佳配置，从而加速我国经济发展。WTO所倡导的贸易自由化也将进一步加强我国同世界之间的相互依靠关系，为加工贸易提供更的机会。
（二） 加工贸易型企业转型升级的现实困难
1. 世界金融危机带来巨大冲击
正如前面所提到的，世界金融危机的爆发，使加工贸易转型升级陷入内外交困的状况，对我国加工贸易的发展带来了巨大冲击。国际市场在此危机的影响下日渐萎缩。
世界主要进口我国产品的国家的经济衰退直接导致对中国产品需求的大量减少，金融危机还加剧了各国的贸易保护主义，中国频繁遭遇的反倾销和名目繁多的贸易壁垒似的加工贸易订单进一步减少，对我国加工贸易的发展和升级转型影响甚大。
2. 我国加工贸易参与全球化能力较弱
目前我国的加工贸易主体是外资投资企业，相对而言。国内企业参与不足。外商投资企业目前已成为我国加工贸易的主导力量，而国有企业仅居次要地位，我国自身所获取的贸易利益较少。另外，外资企业多从事的是高端产品生产，且配套比例高，基本上加工的重要环节均为外资企业所占据。
根据商务部提供的数据显示：在我国的加工贸易主体当中，外资企业在加工贸易中比重从1990年的28.8%提高到2002年的75.3%，2003年则超过了90%。2007年上半年，外商投资企业、国有企业和民营企业加工贸易数量占全国加工贸易的比重分别为84%、10%和6%。外商投资企业加工贸易进出口额3713.1亿美元，占同期加工贸易进出口额的84%。
