由于会计工作具有数据量大、数据结构复杂、数据加工处理方法要求严格，数据的真实性、准确性要求高，要有充分的安全可靠性等特征，从而决定了会计核算软件的开发是一项专业性、技术性很强的工作。会计核算软件的开发过程需要用科学的方法去组织与管理，其开发过程需要大量的时间与精力，因此会计核算软件的开发进展缓慢。
总之，会计电算化培训工作跟不上需要，操作人员素质有待提高。部门管理不够科学，安全，相应的管理措施明显与现实不符，存在漏洞；优质商品化的会计软件少，性能不完善，使用说明书不规范，不详尽；会计软件之间缺乏兼容性，致使重复开发过多，造成资源浪费；会计软件频繁升级，无法保证会计数据处理的相对稳定性；当前会计软件无法满足会计数据保密性的要求；先进的计算机技术在会计电算化中未充分应用，商品化软件开发推广与实际应用存在差距。
（二）会计电算化应用过程中存在的主要问题
会计电算化是企业管理信息系统的一个重要组成部分，管理信息系统是财务、业务和人事等信息系统的有机结合。一个企业会计电算化系统的实施过程，同时也是企业管理理念、管理模式、业务流程等方面改造的过程。虽然我国的会计电算化工作形势看好，但由于企业自身原因与外部环境的影响和财会工作自身的特点，现阶段我国会计电算化系统应用过程中仍然存在着诸多问题。
1.企业管理者缺乏对会计电算化的重视
由于受到传统经济模式的影响，传统的会计理论也深深的扎根于人们的头脑中，认为只有账本和算盘才是正宗的会计工具，如今，越来越多的企业顺应市场经济体制改革的要求，运用电算化替代传统的手工核算，其出发点也往往是为了减轻会计人员的工作负担，提高会计核算的效率，而对于建立完整的会计信息系统建设的重大意义，却缺乏客观的认识，因此也导致了很多企业的会计信息系统，只能单纯的作为记账、报账的工具，无法发挥其在企业资金管理、资金分析以及促进企业管理科学化等方面的作用。例如，福建胜基食品有限公司是福建省的龙头企业，是专业从事饮料研发生产销售的科技型企业，但公司的电脑软件系统现在居然还是 Windows98，Office 系统也得不到升级,电脑内存小，处理日常会计事务速度慢，严重浪费了工作人员的时间和精力，使得工作效率得不到提高。公司虽然使用了用友软件，但是由于使用整套软件价格较高，公司为降低成本，就只开通了用友软件的账务处理部分，其他部分例如工资核算、成本核算等均未开通，都是通过手工处理；另外公司对用友软件中的会计分录都没有及时进行更新，完全跟不上我国会计以及会计电算化发展的脚步，可以说是为了眼前的微益而舍弃了公司的长远利益。
2.缺乏专业的会计电算化专业人才。
由于会计电算化中涉及会计基础以及计算机两种知识，因此一般年龄较大、具有丰富会计经验的会计人员，却缺乏计算机知识；而年轻的会计人员虽然对计算机知识较为娴熟，但是却缺乏一定的会计基础和实践经验。目前的很多会计人员对会计电算化的掌握，往往都停留在简单的核算以及财务软件简单的应用，对于会计软件缺乏全面的了解，一旦财务软件发生故障，则无法进行有效的维护，造成系统的瘫痪，这些问题也成为了当前影响企业会计电算化发展的主要问题。同时，由于专业人才的缺乏，会计报表的生成往往要依靠计算机，因此也造成了很多企业重视计算机人才，却忽略了会计人员的问题。
3.会计电算化使用的软件缺乏科学性
目前，从事会计软件开发的企业达上千家，有大专院校、科研机构、软件公司等，开发出的软件涵盖工业、商业、服务业、交通运输业以及行政事业类，已通过评审的达200多个，还有部分行业自行开发的行业会计核算软件，自成体系。企业可以选择不同的数据库（如Access、Oracle、SQL Server等）、不同的操作系统（如Windows XP、Windows Vista、Linux、IBM等）、不同的财务软件（如用友、金蝶、新中大、SAP、等）（注2）。而目前流行的电算化软件，几乎没有一个能全部兼容，只能针对各自的操作平台应用，编程各异、数据结构不同，软件公司之间存在利益的竞争，没有统一的业界协议，在系统之间很难达到数据信息的共享，就算是同一系统下的各级子系统也不能完全实现数据的共享，导致现有的财务提供的信息比较单一，而且较为滞后，缺乏前瞻性，不能有效及时的对企业的管理及决策进行服务。
4.会计电算化内部控制机制不健全
会计电算化虽然在很大程度上减轻了会计人员的工作量，但同时也增加了操作人员、系统维护人员等岗位，带来了许多新的要求，提出了新的问题。由传统的手工记账系统到会计电算化信息系统的转变使内部控制的内容、形式、对象、范围等发生了很大变化，这些变化导致内部控制制度薄弱。另外，企业使用会计电算化系统后，在减少了某些风险的同时也增加了许多在手工会计系统中很少出现的风险，如计算机不具有人所特有的对异常事项的判断和处理能力，会使不合法的业务和数据游离于企业内部控制之外；电算化系统的数据处理与存储都呈现高度集中的特点和趋势，储存在计算机的数据容易被篡改，甚至可以不留任何痕迹，未经授权的人员可能通过计算机浏览全部数据文件，复制、伪造、销毁企业重要的数据等等。例如，1986年，我国首例计算机舞弊案，即大连市工商银行某办事处计算机会计系统管理员伙同他人利用计算机修改帐日文件，截留企事业单位的贷款信息，以达到贪污的目的。
